Er studierte Vermessungswesen an der Technischen Hochschule in Graz und - nach Kriegsunterbrechung als Sanitäter - an der Technischen Hochschule in Wien. Er trat in den Dienst des Österreichischen Bundesamtes für Eich- und Vermessungswesen und leitete die Vermessungsämter Spittal an der Drau, Deutschlandsberg und Graz, ehe er mit 1. Januar 1972 zum Vermessungsinspektor für Kärnten und Steiermark bestellt wurde und dort aktiv war bis zu seinem Ruhestand Ende 1981.
Neben seiner Berufstätigkeit war Franz Allmer Lehrbeauftragter für Kataster an der TU Graz und lehrte dort bis zuletzt Geschichte des Vermessungswesens. Franz Allmer hat daneben sein Fachwissen in über 200 Publikationen und (vielfach Dia-) Vorträgen dokumentiert, beginnend mit einem Bericht über die Photogrammetrischen Wochen in München 1959 über zahlreiche Aufsätze und Buchbesprechungen. Er schuf eine ungemein wertvolle Dokumentation über „Namhafte Geodäten“ mit Lebensdaten von über 1350 erfassten Personen aus der Zeit von 1800 bis 1980. Franz Allmer verstand es in allen seinen Aktivitäten mit großer Begeisterung, historisch bemerkenswerte Sachverhalte im fachlichen Umfeld aufzudecken, sie im umfassenden geschichtlichen Zusammenhang zu präsentieren, darüber zu berichten und sie der jungen Generation der Fachwelt nachhaltig zu vermitteln.
Die Arbeit von Franz Allmer wurde durch eine Reihe von Auszeichnungen und Anerkennungen gewürdigt. Er war Träger des Großen Ehrenzeichens für Verdienste um die Republik Österreich, Träger des Großen Ehrenzeichens für besondere Verdienste um das Land Steiermark und Träger des Österreichischen Ehrenkreuzes für Wissenschaft und Kunst I. Klasse. Die TU Graz verlieh Franz Allmer 1991 den Titel Ehrenbürger und ernannte ihn 1995 zum Honorarprofessor. Von der TU Wien wurde Franz Allmer 1996 mit dem Goldenen Ingenieurdiplom ausgezeichnet. Eine weitere große Ehrung erfuhr Franz Allmer mit der Verleihung des Eisernen Ingenieurdiploms durch die TU Wien im Jahr 2006.

Wir durften Franz Allmer bei vielen Gelegenheiten als außerordentlich kompetenten, bis ins hohe Alter rührigen, historisch breit interessierten Kollegen kennen lernen. Unvergessen z.B. die Begegnung bei seinem Auftritt beim Gauß-Seminar 2005 in Göttingen, wo er trotz fortgeschrittener Zeit mit seiner Würdigung von Carl Friedrich Gauß die Zuhörer besonders zu fesseln vermochte und die Zuhörerschaft launig über den Unterschied auf zwischen einem Hofrat und einem wirklichen Hofrat aufklärte. - Vergl. auch unsere Mitt. Nr. 167, 129, 114. und siehe den Nachruf von Bernhard Zimmermann "Franz Allmer zum Gedächtnis" in Zs. VDVMagazin 1/2009 S. 54.

Quelle u. a.: Web-Seite des  Österreichischen Bundesamtes für Eich- und Vermessungswesen BEV unter www.bev.gv.at